Trước khi làm sạch dây chuyền chế biến ngũ cốc, phải tắt nguồn điện của thiết bị và ngắt kết nối hệ thống vận chuyển để đảm bảo an toàn vận hành. Đối với các bộ phận chính-chẳng hạn như phễu, băng tải, máy nghiền và máy sàng-, trước tiên nên sử dụng bàn chải hoặc máy cạo để loại bỏ các hạt ngũ cốc còn sót lại và bụi khỏi bề mặt, sau đó lau bề mặt thiết bị bằng nước ấm hoặc chất tẩy rửa nhẹ. Đối với các bộ phận khó tháo rời, có thể sử dụng-súng hơi áp suất cao hoặc thiết bị làm sạch bằng hơi nước để loại bỏ bụi và dầu mỡ bám sâu. Trong quá trình vệ sinh phải chú ý đến thành phần vật liệu của từng bộ phận; nên tránh các dụng cụ và tác nhân hóa học có thể gây ăn mòn hoặc mài mòn. Hơn nữa, điều cần thiết là phải đảm bảo rằng tất cả các chất tẩy rửa đều được rửa sạch để tránh cặn bám làm ảnh hưởng đến sự an toàn và chất lượng của quá trình chế biến ngũ cốc tiếp theo.
Nên thực hiện làm sạch sâu thường xuyên tại các cổng xả, đường ống và thùng chứa của dây chuyền xử lý. Nội thất của đường ống dễ bị tích tụ bụi và các hạt mịn; nếu không được làm sạch kịp thời, điều này có thể dẫn đến nấm mốc phát triển hoặc sâu bệnh phá hoại. Khi làm sạch những khu vực này, trước tiên bạn nên tháo các bộ phận có thể tháo rời để có thể cọ rửa bên trong bằng bàn chải lông mềm-, sau đó rửa sạch bằng nước ấm. Nếu cần, nên sử dụng chất khử trùng-dành cho thực phẩm để khử trùng các thành phần.
Sau khi hoàn tất quá trình làm sạch, tất cả các bộ phận phải được sấy khô hoàn toàn. Ngoài ra, băng tải, dây xích và vòng đệm phải được kiểm tra để đảm bảo chúng ở tình trạng tốt và thực hiện bảo trì hoặc thay thế khi cần thiết. Toàn bộ quy trình làm sạch phải được thiết lập như một quy trình vận hành được tiêu chuẩn hóa và phải lưu giữ hồ sơ làm sạch chi tiết. Điều này đảm bảo rằng dây chuyền chế biến luôn ở trạng thái an toàn và vệ sinh trước mỗi lần sản xuất, từ đó bảo vệ cả chất lượng chế biến ngũ cốc và an toàn thực phẩm.
